เดียวกันนี้สามารถให้วิธีการเปรียบเทียบและตรวจสอบโซนที่ทับซ้อนกันของเมธอดที่อยู่ติดกัน แต่การแปลเอาต์พุตของการแทนค่าหนึ่งกลายเป็นอินพุตของการแทนค่าข้างเคียงใด ๆ สามารถทำให้วิธีการเหล่านี้สามารถทำงานร่วมกันและมีส่วนรวมในแบบจำลองหลายขนาดได้ ตัวอย่างของการเปลี่ยนในโมเดลหลายระดับจะมีข้อความกำกับไว้ การเปลี่ยนในแนวตั้งเกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนขนาดของขอบเขตปริมาตร ไม่ว่าจะโดยการครอบตัดหรือขยาย และอาจปรับความละเอียดของการแสดงแทนด้วย และการเปลี่ยนในแนวนอนเกี่ยวข้องกับการแปลระหว่างวิธีต่างๆ โมเดลหลายขนาดและครอบคลุมกล่องส่วนใหญ่จะเขียนลงในแพ็คเกจซอฟต์แวร์เดียว แทนที่จะใช้แพ็คเกจซอฟต์แวร์ที่มีอยู่หลายชุดร่วมกัน อย่างไรก็ตาม ความพยายามในการทำให้อินพุต/เอาต์พุตข้อมูลเป็นมาตรฐานสามารถเปิดใช้ เซลล์ งานการทำงานร่วมกันของซอฟต์แวร์ได้ในอนาคตการจำลองแบบพลวัตของโมเลกุลทำนายตำแหน่งและการเคลื่อนที่ของทุกอะตอมของโมเลกุลเมื่อเวลาผ่านไป และถูกนำมาใช้ครั้งแรกเพื่อจำลองโปรตีนทั้งหมดในปี 1970 ในการศึกษา MD แบบคลาสสิ ก ปฏิสัมพันธ์จะคำนวณตามศักยภาพที่ได้มาจากการทดลอง ทำให้สามารถจำลองที่มีอะตอมมากขึ้นและใช้เวลานานกว่า การจำลอง MD แบบ ab initioที่สร้างขึ้นโดยตรงจากหลักการแรก อย่างไรก็ตาม ข้อกำหนดด้านการคำนวณมักจะจำกัดแม้กระทั่งวิธีการที่มีประสิทธิภาพมากกว่าเหล่านี้ในการตรวจสอบพลวัตของโมเลกุลเดี่ยวของโครงสร้างที่รู้จักในช่วงเวลาสั้นๆ ระดับนาโนวินาที แม้จะมีข้อจำกัดเหล่านี้ การจำลองแบบ MD ได้ให้ข้อมูลเชิงลึกมากมายเกี่ยวกับโครงสร้างโปรตีน จลนพลศาสตร์ และ