ปฏิสัมพันธ์ของฟาโกไซต์และจุลินทรีย์ในระบบภูมิคุ้มกันเป็นกลไกการป้องกัน แต่เมื่อใช้งานมากเกินไปหรือไม่เหมาะสมอาจเป็นอันตรายต่อเนื้อเยื่อโฮสต์และมีส่วนร่วมในการพัฒนาโรคอักเสบเรื้อรังที่ไม่ใช่ภูมิคุ้มกันและภูมิคุ้มกันต่างๆ เช่น ปัญหาภูมิคุ้มกันทำลายตนเอง โรคภูมิแพ้ ความผิดปกติของรูมาตอยด์บางชนิด มะเร็ง และคนอื่น ๆ