ต่อมทอนซิลยังเป็นส่วนหนึ่งของระบบภูมิคุ้มกัน เนื่องจากตำแหน่งของพวกมันอยู่ที่คอและเพดานปาก พวกมันสามารถหยุดเชื้อโรคที่เข้าสู่ร่างกายทางปากหรือจมูก น้ำเหลือง ต่อมทอนซิลยังมีเซลล์เม็ดเลือดขาวจำนวนมากซึ่งมีหน้าที่ในการฆ่าเชื้อโรค ต่อมทอนซิลมีหลายประเภท ได้แก่ ต่อมทอนซิลเพดานปาก อะดีนอยด์ และต่อมทอนซิลใต้ลิ้น โครงสร้างต่อมทอนซิลทั้งหมดนี้บางครั้งเรียกว่า Waldeyers ring เนื่องจากพวกมันก่อตัวเป็นวงแหวนรอบช่องคอจากปากและจมูก